关于汉昭烈庙的最早文字记载见于《太平寰宇记》：“惠陵即刘先主刘备陵也，今有祠存，号曰惠陵祠。”《三国志》中记载着刘备病卒后，“梓宫自永安还成都，谥曰昭烈皇帝。秋，八月，葬惠陵”，其中并没有提及建庙的事，因此古人推论：“汉诸陵俱有名，宗庙外有原庙，昭烈既葬惠陵，必立原庙。厥后，《寰宇记》谓之惠陵祠，《古今记》谓之先帝庙。”此虽为推断，却言之有据，令人信服。蜀承汉祚，自称季汉，因墓为庙，既承袭祖制，当在陵后建庙，只是不称“昭烈庙”，叫作“惠陵祠”或“先帝庙”。

对建庙的经过，《太平寰宇记》中也有一段记载：“齐高帝梦益州有天子卤簿，诏刺史傅覃修立而卑小。故相国李回在镇，更改置守陵户，四时祭祀。”齐高帝在位下诏修建昭烈庙时，刘备已卒去有二百余年，他极有可能在原惠陵祠基础上进行扩建维修，到了唐武宗时，相国李回再度进行扩建，并设置守陵户，兴隆香火，四时祭祀。

唐朝时期，昭烈庙与武侯祠是两座并立的祠庙，武侯祠位于昭烈庙“西偏稍南”处。中唐时，祠庙成为蜀中游览胜地，常有诗人前去瞻仰吟咏，如杜甫的“忆昨路绕锦亭东，先主武侯同閟宫”，李商隐的“蜀相阶前柏，龙蛇捧閟宫。阴成外江畔，老向惠陵东”等等，这些诗作既是经典的文学作品，也是珍贵的历史资料。

到了宋代，祠庙几度荒芜，但并无大的变化。爱国诗人陆游曾多次亲临瞻仰，留下许多千古流传的名篇，如《跋古柏图》一文：“余在成都，屡至昭烈惠陵，此柏在陵旁庙中，忠武侯室之南，所云‘先主武侯同閟宫’者，与此略无小异。”昭烈庙原有一通宋碑，名为《重修先主庙记》，立于绍兴三十年，任渊撰文，其中有曰：“成都府城南三里许，丘阜岿然，是曰惠陵……昭烈弁冕临之，东夹室以祔后主，而西偏少南又有别庙祀忠武侯，老柏参天，气象甚古，诗人尝为赋之。”

明初，蜀王朱椿认为君臣并立不合祀制，遂废武侯祠，并入昭烈庙。四川巡抚张时彻在《新修诸葛忠武祠堂碑记》中叙述了这一情况：“武侯祠先在先主庙西，宋时屡加修葺，而元因之。皇朝洪武初，以昭烈庙实为陵寝所在，令有司春秋致祭蜀献王之国，首谒是庙，谓君臣宜一体。乃位武侯于东，关、张于西，自为文祭之。”自此，昭烈庙成为朱椿废弃武侯祠后建成的第一座君臣合庙。不幸的是，由于明末农民战争的爆发，陵园所有建筑都毁于一旦，荡然无存。

康熙十一年（1672年），四川湖广总督蔡毓荣到成都，下令重建昭烈庙，并任命四川按察使宋可法主持重建工作。道光九年（1829年），四川布政使董淳对宋可法主持修庙过程中“肖像书碑不据史书，半从小说，位次既未妥协，官爵也多舛讹”的状况很不满意，于是又进行了一次规模较大的调整与维修，后撰文立碑，详细记叙：“锦官城南数里许，惠陵在焉，旁即帝庙。又有侯祠，明季毁于兵。我朝康熙十一年蔡制军、宋臬使重修，遂合为一，前祀昭烈，后祀忠武，有司春秋致祭，由来久矣。余于嘉庆间承乏邑令，赞襄祀事，奔走閟宫，犹想见君臣一体之盛。第庙貌已极巍峨，而园陵弗臻巩固，非所以妥灵爽肃观瞻也。欲培修焉，有志未逮。道光乙酉，祗承恩命，重莅是邦，岁时祭祀，弥矢虔诚。爰商诸制府、廉访、观察、太守诸公，佥有同心，是冬倡捐诹吉，庀材鸠工，建筑陵垣，增修寝殿，丙戌岁杪告竣。”

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